特別に価値がある天然記念物のこと。日本の場合、文化財保護法第109条2項によって定められる。
国指定天然記念物は文化財保護法第109条第1項の天然記念物についての規定により、文部科学大臣が記念物のうち重要なものを天然記念物に指定する。天然記念物の指定基準は現在の文部科学省が管轄の「昭和26年文化財保護委員会告示第2号」(1951年5月10日)*1により定められており、次に掲げるもののうち動物植物及び地質鉱物のうち学術上貴重で、わが国の自然を記念するものとされている。
国指定特別天然記念物は文化財保護法第109条第2項の規定により、文部科学大臣が天然記念物のうち特に重要なものを特別天然記念物に指定する。特別史跡の指定基準は同じく国宝及び重要文化財指定基準並びに特別史跡名勝天然記念物及び史跡名勝天然記念物指定基準により定められており、天然記念物のうち世界的に又国家的に価値が特に高いものとされている。
特別天然記念物は2015年5月現在、計75件が指定されている。
*1:国宝及び重要文化財指定基準並びに特別史跡名勝天然記念物及び史跡名勝天然記念物指定基準