ガストより2001年6月21日に発売されたプレイステーション2用RPG。
フルタイトルは『リリーのアトリエ 〜ザールブルグの錬金術士3〜』。
錬金術でアイテムを調合するのが特徴のRPG、アトリエシリーズの第3作目(A3)。『マリーのアトリエ』『エリーのアトリエ』の過去の物語で、主人公のリリーがザールブルグに錬金術アカデミーを建設するのが目的。
システム的には前2作とほとんど代わりはないものの、PS2での初作品とあって奥がぐっと深いものになっている。
2002年4月4日、インターネット対戦機能やイベントを追加した『リリーのアトリエPLUS 〜ザールブルグの錬金術士3〜』がが発売された。
2001年12月20日には、外伝的なアドベンチャーゲーム『ヘルミーナとクルス 〜リリーのアトリエ もう一つの物語〜』が発売された。