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こんにちは。 今回は、WindowsPCでUbuntu環境を構築する方法について書きたいと思います。 いろいろな開発をする中で、Ubuntu環境の方が便利なことが多いです。 それでは書いていきます。 WSLのインストール Windowsでは、WSL(Windows Subsystem for Linux)というLinux環境を簡単に使える仕組みがあります。 今回は、そのWSLを使いたいと思います。…
HiC-Proについて ゲノムのcontigを正確にscaffoldingするために、Hi-Cリードデータが用いられる。HiC-Pro はfastq ファイル からコンタクトマップの描画まで、Hi-C データを処理するように設計されているソフトウェアである。 github.com 準備 遺伝研スパコン利用 以下のコマンドでメモリ容量多めにしてqloginする メモリが足りないとインストールがうまく…
またやった。 レンタカーで事故るのは、これで人生二回目。 今回は、パーキングの縁石にガリっと。 単独であったこと、ケチらず安心パックに入っていたこと、来てくれた警察官が優しかったことに恵まれて、費用負担行政処分を受けることはなかった。 ただ今回も、彼女を隣に乗せての事故。 ぶつけた事実を受け入れて真っ先に考えたのは、彼女の母親に何か言われるのではないかということ。 娘を乗せて2度も連続で事故る彼氏…
今回の投稿では、ポータブルなCI/CDワークフローとして注目されている Dagger について紹介します。 例として、簡単なPythonアプリケーションのCI/CDをDaggerで実装してみました。 フォーマットチェック (black) 、静的チェック (flake8) 、テスト (pytest) を実行する イメージをビルドしてコンテナイメージリポジトリ (Docker Hub) にプッシュする…
こんにちは!こーたろーです。 今回、訳あってLightGBMを使ったシミュレーションを行っています。 その中で、精度を上げるためにクロスバリデーションを行ってみたいと思い、LightGBMクロスバリデーションの情報を探していました。 ちょうどサンプルコードがあったため、そのまま貼り付けて、必要な箇所のデータを変更してみましたが、エラーが出て苦労しました。 結果として、ほぼ手組状態に陥ったため、最新…
〈目次〉 機能 必要なもの 使い方 入力画面と記入結果の例 既知の問題点 機能 Logseqの当日の日誌ページ(の最終行)に1行記入します。 当日の日誌ページのMarkdownファイル(YYYY_MM_DD.md)がまだ存在しないときは、そのファイルが作成されたうえで記入されます。 必要なもの Pythonが実行できること 使い方 Logseqの日誌ページが保存されているフォルダのパス(位置)を、…
www.pon-x.jp 前回の続き 今回は関数を作ってみるをかいてみる どんくりにて実行。 配列 関数名()で定義して、「を実行する」で関数を閉じる。 呼び出しは関数名()でOK 戻り値(return)は「を返す」で指定する。 足し算(num1,num2)は num1+num2を返す を実行する 足し算(5,8)を 表示する ちょっとした応用。 nの段の九九を返すユーザー定義関数 nの段の九九(…
ブログ管理者のP.Hです! 今回がオブジェクト指向の最後の記事になります。 実際にクラスをどのように使うのか、具体例を上げて説明したいと思います。 何となくオブジェクト指向について理解できているかな、 と感じている方はこの記事を読んでみてください。自分の理解度がわかるかもしれません。 それでは解説していきます。 継承はそんなに使わない? 少し話がそれますが、継承とimportについて記載しておこう…
iOSで機械学習の機械学習の推論をする場合、Core MLやPytorch Mobileなどの選択肢がありますが、 Apple謹製のCore MLを使ってみようと思う人は多いはずです。 Core MLのメリットとしては Pytorch MobileはiOS12以上なのに対し、Core MLはiOS11以上をサポートしているでのサポート範囲が広い Core MLで作ったモデルはiPhoneのスペック…
データフレームでのクロス集計(2項目間の組み合わせの数)する、 crosstab関数の使い方です。 import pandas as pd import numpy as np #データを作る data = [["A0",1],["A1",0],["A0",0],["A0",1]] df = pd.DataFrame(data=data, columns=['A','B']) df .datafr…
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