bioinformatics

DNA配列をRで逆向きにする ここを参考にした。 #ライブラリを読み込む library(stringi) #sequenceを読み込ませる sequence <- "ggccgcTCAAGCGTAATCTGGAACATCGTATGGGTAc" #配列を逆向きに変換 stri_reverse(sequence) #出力結果 [1] "cATGGGTATGCTACAAGGTCTAATGCGAACTcgccgg"

概要 Numpyroで微分方程式のパラメータ推定をやってみました。コードは前回のNumPuroデビュー記事のコードと同じrepositoryにあります。 github.com

概要 前から気になっていたNumpyroを試してみたので覚書。コードは以下のrepositoryにあります。 github.com

概要 昔、身内数名でのハンズオンセミナー用にDocker+JupyterHubで環境構築をした話です。コードはここです↓ github.com

Fukuです。こんにちは。 NGS解析 で浮かんだ疑問を解決するコマンドを紹介します。 今日の目的 Whole Genome Sequenceや Whole Exome Sequenceにおいて NGSシーケンサのアラインメントファイル（BAM, SAM）から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル（BED）を作成します。 BAM ↓ chr1 65838 65942 chr1 65948 65963 chr1 69470 69602 ... これを例えば、「Depthが10未満の領域は下流解析から除く」という目的に利用できます。（この目的なら、ほかの方法もありますが） 方法 …

※2023年7月19日 一部修正 VCF形式 詳しい説明は省略。GATK公式による解説がおそらく一番分かりやすい。 VCFファイルを整形したり、ほしい多型情報を抽出するツールとしてはbcftoolsとVCFtoolsが定番となっている。個人的にはbcftoolの方が、 biocondaで配布している bamファイルからの多型抽出コマンドも備えていて、多型抽出からフィルタリングをシームレスに行える という点で扱いやすいと感じた。 bcftoolsのインストール方法 anaconda環境があればbiocondaからインストールできる。 conda install -c bioconda bcfto…

Rustが注目を集めているらしいので流行りにのって使ってみました。 RustにはRust-Bioというバイオインフォマティクス用パッケージが存在します。そこで、今回はこれを用いてGzip圧縮されたFASTAファイルを読み込むプログラムを書いてみます。 まずはコードの全体から。 use structopt::StructOpt; use std::fs::File; use bio::io::fasta::{self, FastaRead}; use flate2::bufread::MultiGzDecoder; use std::io::BufReader; use std::ffi::Os…

2024年4月16日に、QYResearchは「バイオインフォマティクス・ソフトウェア＆サービス―グローバル市場シェアとランキング、全体の売上と需要予測、2024～2030」の調査資料を発表しました。本レポートは、バイオインフォマティクス・ソフトウェア＆サービスの世界市場について分析し、主な売上、動向、市場規模、主要企業の市場シェアとランキングに焦点を当てています。また、地域別、国別、製品タイプ別、用途別の分析も行っています。バイオインフォマティクス・ソフトウェア＆サービスの市場規模を2019年から2030年までの売上に基づいて推計と予測しています。定量分析と定性分析の両方を提供することで、企…

ハイスループットシーケンシングとしても知られる次世代シーケンシング（NGS）は、さまざまな最新のシーケンシングテクノロジーを説明するために使用される包括的な用語です。グローバルDNA次世代シーケンシング市場レポートは、市場の概要、最近の動向、需要および世界、地域や国固有の市場規模、市場シェア、市場成長分析、とその市場成長分析、各セグメント市場成長を含む重要なデータに関する詳細情報を提供しており、 さらに、 DNA次世代シーケンシング市場レポートは、シェア、収益、歴史データ、地域の市場シェアなど直観的なデータを提供も提供しており、そして、SWOT 分析と組み合わせて市場開発優劣勢、機会、脅威を提…

病因となるコピー数多型バリアント（CNV）は、希少かつ重篤な疾患の不均一なスペクトルを引き起こす可能性がある。しかし、ほとんどのCNVは良性であり、ヒトゲノムのnatural variationの一部である。CNVの病原性の分類、遺伝子型-表現型解析、治療標的の同定は、困難で時間のかかる作業であり、専門家による複数の散在した情報源からの情報の統合と解析が必要である。ここでは、CNVの臨床評価と視覚的探索のためのオープンソースのウェブアプリケーションであるCNV-ClinViewerを紹介する。このアプリケーションは、ユーザーフレンドリにデザインされたインターフェイスで、大規模なCNVデータセッ…

アディソン病の治療市場調査は、業界、市場競争、業務予測、ターゲット市場への洞察、および業務を収益性の高い方面に導く正確な概要に関する包括的な説明です。 業界の現状を概説し、どこに向かっているのかを示します。 さらに、アディソン病の治療 の市場分析は、ライフサイクル、規模、トレンド、予測期間における成長など、関連する業界指標を提供することに重点を置いております。 ターゲット市場を明確に理解することは、事業拡大の利益に不可欠であり、この市場レポートは、ターゲット市場を理解するための重要データを提供されており、 また、ロシアとウクライナ戦争の最新動向とそれが業界における影響も追跡されております。アデ…

ウイルスは豊富で多様性に富み、先祖伝来の生物学的実体である。その多様性は、遭遇する様々なタンパク質ファミリーの数においても、各タンパク質ファミリーの配列の不均一性においても高い。近年、ウイルスゲノムの塩基配列が解読されつつあり、このような多様性について新たな知見を得る絶好の機会であり、機能解析や比較解析に役立つアノテーションリソースの開発が急がれている。ここでは、HMMプロファイル-プロファイル比較による遠隔相同性検出に基づく新しいクラスタリングアプローチによって作成されたウイルスタンパク質ファミリーのライブラリーであるPHROG（Prokaryotic Virus Remote Homolo…

市場概要 バイオインフォマティクスの世界市場規模は2022年に101億米ドルとなり、2023年から2030年にかけて年平均成長率（CAGR）13.7％で成長すると予測されている。新薬の研究開発過程における需要の高まりや、研究開発活動を支援するための民間・公的資金投入の取り組みが、予測期間中の市場を牽引する主要因になると予想される。さらに、RasMol、AUTODOCK、BALL、Bioclipseのようなユーザーフレンドリーで入手しやすいバイオインフォマティクスソフトウェアの導入や、医薬品開発プロセスの初期段階における毒性検出を支援するバイオマーカー探索プログラムの正確かつ効果的な解析のため…

メタゲノム解析は、抗菌薬耐性遺伝子（ARG）の機能や分布を理解する上で非常に有用である。しかし、研究の比較可能性を確保するために、標準化された再現可能なワークフローが必要である。現在の選択肢には、それぞれ特定の目的を念頭に設計された様々なツールや参照データベースが含まれているからである。本研究では、ARGの構成、分布、機能を研究するために、大量の生シーケンスリードを処理するワークフローARGprofilerを作成した。ARGprofilerは、14,078のユニークなARGからなるPanResデータベースを提供することで、どの参照データベースを使うべきかという課題に取り組んでいる。ARGpro…

重複テンプレートの同定は、バルクシークエンシング解析における一般的な前処理ステップである。streammdは、Picard MarkDuplicatesの出力を忠実に再現しながら、大幅に高速化し、SAMBLASTERよりはるかに少ないメモリで動作する。streammdは、GitHub https://github.com/delocalizer/streammd からMITライセンスの下で入手可能なC++プログラムである。 特徴（レポジトリより） 高速 - デフォルトの設定で、streammdはPicard MarkDuplicatesより5倍高速 大規模なライブラリでも少ないメモリフットプリ…

2024/03/5 更新 2024/04/9 追記 MetaCerberusは、超並列、高速、低メモリ、スケーラブルなアノテーションツールであり、ゲノムからメタコミュニティにわたる遺伝子機能を推論する。MetaCerberusは、HMM/HMMERベースのツールを低メモリで高速に提供する。KEGG(KO)、COGs、CAZy、FOAM、そしてVOGsやPHROGsなどのウイルスに特化したデータベースを含む主要な公開データベースに対して、シングルゲノムからメタコミュニティまで、スケーラブルな遺伝子解明を提供する。MetaCerberusはシングルノードでeggNOG-mapper v2より1.3…

2024/02/29 コマンド修正 プロファージは細菌ゲノムに組み込まれたファージであり、細菌生物学の多くの側面を理解する鍵となる。プロファージは非常に多様であるため、配列の類似性を利用して検出することは困難である。本著者らは、新規プロファージの発見を容易にするために、特徴空間に基づいた、高速で汎化可能な新しい機械学習法を提案する。このアプローチを検証するために、公開されているmarine viromesとシングルセルゲノムを特徴ベースのアプローチで再分析したところ、現在の最先端のツールで検出されたファージよりも常に多くのファージが検出され、しかも著しく高速であった。このことは、本アプローチが…

2024/02/27 追記 信頼できるリファレンスゲノムを持たない生物種のRNAシーケンスデータからのトランスクリプトームアセンブリはde novoで行う必要があるが、de novo methodでは転写産物のアイソフォームを再構築する能力が不十分であることが多いことが研究で示されている。本著者らは、転写産物のアイソフォームの包括的なセットを作成することを主目的とするアセンブリパイプラインを構築することにより、この問題に対処する。 このパイプラインは、ショートリードRNA-seqデータを入力とし、一次アセンブルを行い、ガイディングコンティグセットをクラスター化し、ショートリードをガイディングコ…

ロングリードRNAシーケンス技術の進歩は、トランスクリプトーム解析に明るい未来をもたらした。ロングリードをその起源遺伝子ファミリーにしたがってクラスタリングすることは非常に重要である。しかし、既存のde novoクラスタリングアルゴリズムは、膨大な計算資源を必要とする。 ロングRNA-seqリードをクラスタリングする新しいアルゴリズムGeLusterを開発した。1つのシミュレーションデータセットと9つの実データセットでのテストで、GeLusterは優れた性能を示した。テストしたNanoporeデータセットでは、2番目に高速な手法の2.9～17.5倍の速度で動作し、メモリ消費量は7分の1以下であ…