MAMBA

リモートワーク。地道な作業を進めていく。本当はもっとアルゴリズムとか数理最適化やっていきたい気持ちはあるが、自分で実装したものが結局質が悪くてRevertされそうなこととかも考えるとなかなか難しい。実装面えでゃちょっと良いアイデアが思い浮かんだかもしれなくて、コードが上手く整理できるか。複雑な知識を使って、自分にだけわかりやすくなっても仕方ないとは思いつつ。 久しぶりに昼に散歩した。若干目が痒くなる感じはあったけど、花粉よりももう暑さだな。快適に過ごせる日は少ないねぇ。 現実世界で動くロボットではIn-Context Learningみたいな要素はあった方がいろいろ楽になると思うし、そのコンテ…

以前に購入したCEEPOのMAMBAです。 その時の詳しくはこちらから↓ https://jun48743003.hatenablog.com/entry/2024/02/17/193043 元々は5800系の105がついていた中古車体を購入したのですが、おそらくOHはされていないでしょうし、ケーブル等の消耗品も最後に交換されたのがいつなのかわからない。 ということでバラして綺麗にしてケーブルも交換しちゃいましょう！！ 初っ端から詰み？ とりあえず邪魔なのでバーテープは剥がしておきましょう。 ステムボルトがやばいことなってますw これは使用における錆なのでしょうか…水洗車で拭かなかったものにお…

タンパク質の生物学的機能を理解することは、現代の生物学において基本的に重要である。タンパク質の機能を表現するために、制御された語彙であるGene Ontology (GO)は、オープンエンドなテキスト解釈を避け、コンピュータプログラムで扱いやすいため、頻繁に使用されている。特に、現在のタンパク質機能予測手法の大半はGO termに依存している。しかし、タンパク質の機能を記述するGO termの広範なリストは、解釈の際に生物学者に困難をもたらす可能性がある。この問題に対応するため、本著者らは、GO termのセットを入力とし、T5大規模言語モデルを用いて人間が読める要約を生成するモデル、GO2S…

Building a RAG Pattern chat bot with Azure OpenAI and LangChain.js | Azure Developers JavaScript Day Azure 技術資料インデックス AWS 初学者向けの勉強方法 6 ステップ！2024 年版！ 【論文要約】Jamba: A Hybrid Transformer-Mamba Language Model【メモ】 サイバーエージェントが生成AI活用で「6割の業務削減」を宣言 独自開発中の「AIナスカ」が一翼を担う ナレッジグラフ（知識グラフ）とLLMを掛け合わせる方法のロードマップ Google…

2024/04/08 CLI追記 高品質なゲノムは、機能的、進化的、比較ゲノム研究の基礎である。telomere-to-telomere (T2T)アセンブリという新しい時代の到来とともに、複雑な染色体構造や高度な反復配列の解明に注目が集まっている。しかし、T2Tゲノムの自動構築や特性解析のためのバイオインフォマティクスツールは限られている。本著者らは、ユーザーフレンドリーなウェブツールキットQuarTeT： AssemblyMapper、GapFiller、TeloExplorer、CentroMinerを開発した。まずAssemblyMapperは、相補的なコンティグを近縁のゲノムを参照し…

公開データベースに寄託される微生物ゲノムの数が増加しているため、多数のゲノムをゲノム距離という観点から比較することは、ますます困難になってきている。現在では、数百万から数十億のゲノム間のペアワイズ距離を推定する必要がある。このような比較を効率的に実行できるソフトウェアはほとんどない。 本論文では、1兆スケールでの超高速かつ高精度なゲノム検索と比較を実現するために、いくつかの新しいMinHashアルゴリズムと計算最適化（Simple Instruction Multiple Data, SIMDなど）を実装し、マルチスレッドソフトウェアBinDashを更新した。すなわち、SIMDによる最適化・高…

ITSx (Bengtsson-Palme et al., 2013)は、ゲノムFastaファイルからITS配列を抽出するためのリファレンスベースのメソッドであるが、非常に時間がかかる。最近、リボソームRNA遺伝子を高速かつ正確に特定するBarrnapが開発された。この2つのソフトウェアを組み合わせて配列比較を行うことにより、このスクリプトは真菌ゲノムからのITS配列の高速抽出を可能にする。 インストール ubunutu20でpython3.6の環境を作ってテストした。 依存 Python 3.x Barrnap: https://github.com/tseemann/barrnap ITS…

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