横須賀鎮守府とは、神奈川県横須賀市にあった旧日本海軍の鎮守府。
1884年12月15日、横浜に設置されていた東海鎮守府を移転して横須賀に設けた鎮守府であり、横須賀海軍造船所・横須賀海軍病院を鎮守府の所管とした。
1886年4月22日、「海軍条例」において全国に5つの「海軍区」を定め、横須賀鎮守府は第一海軍区*1を所管した。
また「鎮守府官制」により、鎮守府の組織として参謀部・軍医部・主計部・造船部・兵器部・建築部・軍法会議・監獄署などを置いた。
組織上は他の鎮守府と同格とされているが、帝都防衛の要港である為、実質的には地位が一段高い鎮守府とされていた。
1945年11月30日に廃止となった。
*1:陸中陸奥国界ヨリ紀伊国南牟婁東牟婁郡界ニ至ノ海岸海面及小笠原島ノ海岸海面