平安時代中期の第71代天皇。尊仁(たかひと)親王。
後朱雀天皇第二皇子、母は三条天皇第三皇女、皇后禎子内親王(陽明門院)
後冷泉天皇が子を残さずに崩御してしまったため、藤原氏を外戚に持たない後三条天皇が即位。藤原頼通は失意のあまり引退してしまったという。
藤原氏におびえて冷たく当たってきた貴族らに、天皇は即位後も私情を交えず公正に政治を行ったという。対して藤原氏側は一族の内紛から天皇に対抗しきれず、ここで政権は天皇家の手中に戻ることになる。
即位後四年で子・白河天皇に譲位し院政をを開こうとしたが翌年に崩御してしまったと言われてきた。しかし、近年の研究では後三条上皇に院政を開く意思はなく、病によるものという説が有力である。