第45代横綱初代若乃花が引退後花籠部屋から独立して興した部屋。弟の大関・初代貴ノ花、横綱・2代目若乃花(現:間垣親方)、横綱・隆の里(現:鳴戸親方)、大関・若嶋津(現:松ヶ根親方)らが育った。
初代が日本相撲協会を定年退職した後、弟で既に独立して藤島部屋を興していた元大関初代貴ノ花の藤島親方が継承し、藤島部屋と合併し、新生二子山部屋となる。ともに多くの幕内力士を抱えていた二つの部屋が合併した為、平成5年春場所では幕内に二子山部屋の力士が10人もいるという事態が発生、普通なら横綱との対戦のない幕内中位の力士が横綱と対戦するなど、取組編成上支障をきたしたこともある。二代目の時代に親方のともに親方の実子である横綱貴乃花(2代目)、若乃花(3代目)、大関貴ノ浪らを輩出した。
平成14年初場所後、2代目は部屋を引退した貴乃花親方に譲り、部屋の名称も貴乃花部屋に改められた。