アトラス(ATLUS)より2008年2月21日に発売されたニンテンドーDS用3DダンジョンRPG。
世界樹の迷宮シリーズの第2作目。
前作に登場した職業に加え、新職業としてドクトルマグス、ガンナー、ペットが登場する。
FOE(F.O.E)の行動バリエーションも増える。
また、マッピングのアイコン増加や中断セーブ機能の追加など様々な改良がされている。
ただし、非常にバグが多いため、プレイ前に攻略サイトやwikiを読んでおくことは必須である。廉価版では修正されている。
ニンテンドー3DSで『新・世界樹の迷宮2 ファフニールの騎士』としてリメイク。
「オリジナルサントラCD/古代祐三 〜世界樹の迷宮IIピアノスケッチver.」
古代祐三が作曲した「世界樹の迷宮II 諸王の聖杯」BGMをピアノver.で7曲収録
世界樹の迷宮II 諸王の聖杯 特典 オリジナルサントラCD「古代祐三~世界樹の迷宮II ピアノスケッチver.~」付き
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「世界樹の迷宮II 諸王の聖杯」スーパー・アレンジ・バージョン