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任天堂より2000年9月21日に発売されたゲームボーイカラー専用アクションパズルゲーム。開発はインテリジェントシステムズ。
「パネルでポン」の続編で、「ポケットモンスター」シリーズのキャラクターを採用している。VS.COMモードは、ジムリーダーたちとパネポンで勝負して、ポケモンを仲間にしていくという内容で、「ポケットモンスター 金・銀」のシナリオをなぞった話となる。
ゲームモードにはおじゃまパネルがどんどん降ってくる「おじゃまアタック」を追加。初心者用にアクティブ連鎖などの練習ができる「スローモード」、上級者にはパネルが消えている間もパネルのせりあげができる「ばくはつせりあげ」といった新要素がある。
ちなみに本作のCMでは通称「ポケモンおじさん」こと綿引勝彦は当時のメインシリーズである『ポケットモンスター 金・銀』の攻略本(asin:4091028349)を読んでいたりした。