バイオインフォマティクス

博士課程の学生だったころ、プログラマ／エンジニアとしてのキャリアと発酵工学・代謝工学研究者としてのキャリアの重なるところが自分の強みを活かせる領域かなと考えていた。いわゆる「バイオインフォマティクス」がそれに当たると思っていたが、その中でもフラックス解析が最もマッチするかなと思い、MIT Stephanopoulos Labに留学して勉強して、会社に入っても基礎研究をやらせてもらったけど、経験を活かしきれていない。なんとも惜しい。何かと組み合わせることに新しい方向性がありそうなんだけどもまだ思いつかないんだよな。 そんなこんなで2020年代のフラックス解析の現状をキャッチアップするために選んだ…

はじめに 本記事では、私が所属する東大の生物情報学科の紹介をしようと思う。 モチベーションとしては、私が２年生のこの時期に、進振りの希望先を選ぶための判断材料として、Twitter やインターネットを徘徊して情報収集に勤しんでおり、生の声を聞きたいと思ったからである。 東大生あるあるだと思うのだが、進振りの真っ只中では「進振り辛い」といった発言が多いのだが、進振りが終わってしまえば、誰も進振りの話をしなくなり、もはや自分が進振りを突破して今の学部学科にいるということも忘れてしまう軽視されてしまう。要は、進振り前はハラハラしているのだが、進振りが終わった瞬間にそういったことを忘れてしまって、後輩…

！注意！ ここに書いているのは、本当に「資格試験合格だけでええわー」という人向けのものです。 大切なのは、この試験への勉強を通じて自分に足りていない知識を確かめ補うこと！ 合格はその１つの指標に過ぎないです。 ぶっちゃけ、この試験受かっても解析技術はない（他の方もブログに書いてた気がする） ０：受験者の背景 年齢・・・アラサー 出身学部・・・医学部 卒業して5年程度経過 かれこれ10年弱前に分子生物学や遺伝学、免疫学等々いわゆる基礎医学は修めたけど、情報系は全く履修無し。 仕事・・・手術＆外来。日常業務ではまっっったくバイオインフォ関連の知識は使わない。 勉強時間の確保方法・・・昼休み、通勤電…

Windows で バイオインフォ・デジタルパソロジー バイオインフォマティクス（Bioinformatics）やデジタルパソロジー（digital pathology）の開発や実践をするためには、Linux （Ubuntu など）や MacOS が推奨されることが多く、Windows マシンを対象にした解説書やブログなどはあまり多くありません. 理由はいくつもありますが、バイオインフォマティクスなどに用いられるツールの多くが Linux、MacOS 対応であることや、 python や R の環境構築もやりやすいということ、インフォマティックス系の研究者の多くがそもそも Unix ユーザーや…

こんにちは、データ受託解析チームのtsuyuhです。 受託解析では、お客様のご要望に沿った様々な図を作成します。 解析中に出た図たちは最終的に報告書として綺麗にまとめる訳ですが、後々に論文等で"映える"ようにプロットの大きさや色などを密かに工夫しています。 例えば、プロットの色は使うツールによって自動的に塗られることが多いですが、複数のツールを使って様々な図を作成するとどうしても配色が異なってしまいます。 ところが、手動で塗ろうとしても色名が分からず、最後に図を並べたら微妙に違う色になっていてモヤモヤする、なんてことも多いんじゃないでしょうか。 そこで今回は、シングルセルRNA-seq解析 で…

データ受託解析チームのkuboです。 データ解析受託担当ですが、トレーニングや、データ解析のお困りごとの相談にお答えするコンサルにも顔を出すことがあります。 scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使ったデータ解析のトレーニングやコンサルでは、主にscRNA-seq解析においてよく使用されるRパッケージSeuratの使用方法をご紹介しています。 Seuratを使用した複数のデータセットを統合する手順について 「IntegrateDataによる統合とmergeによる統合の違いは何か」 というご質問を何度かいただいたことがあるので、簡単に説明します。 IntegrateDataによる統合 …

こんにちは。Fukuです。 シングルセルRNA-seq解析 プログラムのSeuratでデータ解析をするとき、 正規化、スケーリング、主成分分析など様々な値が作成されていきますね。 その後、解析前の元データを呼び出すにはどうしたらよいでしょうか？ ⇒ 下記コマンドで元データの参照が可能です。 > library(Seurat) > pbmc@assays$RNA@counts 詳細 シングルセルゲノミクス解析のRパッケージ Seuratを用いた解析について説明します。 CRAN - Package Seurat Webサイト まず、Seuratオブジェクトにはslotという、様々なデータを格納す…

2024年4月16日に、QYResearchは「バイオインフォマティクス・ソフトウェア＆サービス―グローバル市場シェアとランキング、全体の売上と需要予測、2024～2030」の調査資料を発表しました。本レポートは、バイオインフォマティクス・ソフトウェア＆サービスの世界市場について分析し、主な売上、動向、市場規模、主要企業の市場シェアとランキングに焦点を当てています。また、地域別、国別、製品タイプ別、用途別の分析も行っています。バイオインフォマティクス・ソフトウェア＆サービスの市場規模を2019年から2030年までの売上に基づいて推計と予測しています。定量分析と定性分析の両方を提供することで、企…

グローバル創薬技術市場レポートは、市場の概要、最近の動向、需要および世界、地域や国固有の市場規模、市場シェア、市場成長分析、とその市場成長分析、各セグメント市場成長を含む重要なデータに関する詳細情報を提供しており、 さらに、 創薬技術市場レポートは、シェア、収益、歴史データ、地域の市場シェアなど直観的なデータを提供も提供しており、そして、SWOT 分析と組み合わせて市場開発優劣勢、機会、脅威を提供することで世界創薬技術市場をよりよく理解することができ、同時に、当創薬技術市場レポートはロシア・ウクライナ戦争が世界市場に与える影響も分析しており、その市場ドライバーや抑制因子を含む市場動向も含まれて…

東京大学、岩崎渉の研究が注目される理由 岩崎渉の経歴 岩崎渉の年齢と学歴 東京大学、岩崎渉の主な研究成果 岩崎渉の研究分野 岩崎渉の主要な研究発表 岩崎渉とセンターでの研究活動 東京大学、岩崎渉の研究が注目される理由 東京大学 岩崎渉教授は、東京大学の大学院新領域創成科学研究科先端生命科学専攻で教鞭を執る研究者です。彼の研究は以下の理由から注目を浴びています。 1. データサイエンスへの注目: 岩崎教授は、従来の生物学からデータサイエンスへの転換に注目しています。彼の研究室では、バイオインフォマティクス、理論・数理、実験、フィールドサンプリングなど、さまざまなアプローチを組み合わせて生命システ…

病因となるコピー数多型バリアント（CNV）は、希少かつ重篤な疾患の不均一なスペクトルを引き起こす可能性がある。しかし、ほとんどのCNVは良性であり、ヒトゲノムのnatural variationの一部である。CNVの病原性の分類、遺伝子型-表現型解析、治療標的の同定は、困難で時間のかかる作業であり、専門家による複数の散在した情報源からの情報の統合と解析が必要である。ここでは、CNVの臨床評価と視覚的探索のためのオープンソースのウェブアプリケーションであるCNV-ClinViewerを紹介する。このアプリケーションは、ユーザーフレンドリにデザインされたインターフェイスで、大規模なCNVデータセッ…

2024年の技術トレンドの概要 2024年は、AI、自動運転、宇宙ビジネス、医療技術など、多岐にわたる分野で技術革新が進展しています。特に、生成AIの進化は、コミュニケーションや情報処理に革命をもたらし、新たなビジネスモデルの創出を促進しています。自動運転技術は、交通の安全性と効率性を高め、宇宙ビジネスは、宇宙旅行の商業化により新たな市場を開拓しています。また、医療分野では、遠隔手術や3Dナビゲーションによる診断精度の向上が期待されています。 イノベーションの重要性 これらのイノベーションは、社会の持続可能性、経済成長、生活の質の向上に寄与しています。AIの進化は、労働力不足の解消や生産性の向…

DNAの二重螺旋構造は、生命の設計図を保持し、伝達する分子の基本的な形状です。1953年にジェームス・ワトソンとフランシス・クリックによって初めて提案されたこの構造は、生物学の世界に革命をもたらしました。DNAがこの特定の形をしている理由、そしてそれが生物学的機能にどのように貢献しているのかを探ることは、科学者や学生にとって非常に興味深いトピックです。 DNAの二重螺旋の構造 DNAの二重螺旋は、二本の長いポリヌクレオチド鎖が互いに巻き付き合っている構造です。これらの鎖は、糖とリン酸の繰り返しで構成される糖リン酸バックボーンと、糖分子に結合した４種類の窒素塩基（アデニン、チミン、グアニン、シト…

定量的プロテオミクスにより、イベルメクチンの幅広い抗ウイルス特性が明らかになり、COVID-19治療に有益であることが明らかになった。 " ヒトサイトメガロウイルス（HCMV）、ヒトパピローマウイルス（HPV）、エプスタイン・バーウイルス（EBV）、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）、コロナウイルス（重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2[SARS-CoV-2]）などのウイルスは、世界中でヒトの健康に大きな負担をかけている。FDA認可の抗寄生虫薬であるイベルメクチンは、抗菌薬、抗ウイルス薬、抗がん剤でもあり、世界的な公衆衛生を改善する可能性をより多く提供しており、in vitroでSARS-CoV-…

Neurodevelopmental and Functional Outcomes Following In Utero Title: 注意欠如および過活動性・衝動性特徴を持つ青少年のADHDにおける灰白質量の関連 Diagnosis: タイトル: ADHDおよび他の外向性障害を持つ子供の介護者向けWebベースの自己支援の受け入れと利用 タイトル: 持続性注射デポビュープレノルフィンが持続的物質使用および複数の精神疾患を有する患者における有害軽減視点からの質的インタビュー研究。 Title: タイトル: 小児における発作性運動誘発性ジスキネジアの長期低用量ラモトリギン治療：認知機能の2年間の…

市場概要 この調査レポートは、血液培養検査市場の世界市場規模、シェア、最新動向、競合情報、今後の市場展望などを分析しています。血液培養検査は、血流中の微生物の存在を検出・同定するために使用される診断検査です。市場は、血流感染症の有病率の増加、早期かつ正確な診断の重要性に対する意識の高まり、技術の進歩などの要因によって牽引されている。血液培養検査市場は、アジア太平洋地域で著しい成長を遂げている。同市場の主要プレーヤーには、Becton, Dickinson and Company社、bioMérieux SA社、Thermo Fisher Scientific Inc.社、その他同市場で事業を…

ラボ熟練度試験市場規模は2019年にXX百万米ドルで、2029年にはXX百万米ドルに達し、予測期間（2022-2029年）にCAGR 6.1%で成長すると予測される。 試験所技能試験は、特定の試験または測定について個々の試験所の性能を決定し評価する手順である。検査施設技能試験は、異なる検査施設から得られた結果を比較するため、検査施設間比較とも呼ばれる。 ラボ熟練度試験市場の成長は、ラボ試験における技術進歩の高まり、食品・医薬品の安全・品質規制の厳格化、水質検査への注目の高まりによってもたらされる。 食品・医薬品の品質規制の厳格化が市場成長の原動力となる見込み 食品医薬品局、国際食品保護研修所、…

市場概要 世界の包括的代謝パネル検査市場規模は、2022年に101.9億米ドルと推定され、2023年から2030年にかけて年平均成長率（CAGR）9.1％の成長が見込まれている。慢性疾患の有病率の上昇や早期診断・早期治療の重視といった要因が、CMP検査の需要を促進すると予想される。肥満、喫煙、不健康な食習慣、運動不足などの生活習慣関連疾患の高い蔓延は、慢性疾患の発生率を高める要因の一つである。老年人口は糖尿病や心血管疾患にかかりやすいため、老年人口の増加が市場を牽引している。世界保健機関（WHO）によると、60歳以上の人口は10億人を超え、2030年には14億人に達すると推定されている。 糖…

市場概要 この調査レポートは、キャリアスクリーニング市場の世界市場規模、シェア、最新動向、競合情報、今後の市場展望を分析・解説しています。キャリアスクリーニングは、遺伝性疾患に関連する遺伝子変異を持つ個人を特定する遺伝子検査プロセスです。これは、個人が十分な情報に基づいた生殖に関する決定を下し、早期介入と治療を促進するのに役立ちます。市場は、遺伝性疾患に対する意識の高まり、出生前および受胎前スクリーニングへの注目の高まり、遺伝子検査技術の進歩によって牽引されている。欧州では、キャリアスクリーニング市場が著しい成長を遂げている。同市場の主要プレーヤーには、Illumina, Inc.、Nate…